L'obiettivo di Flappy Dunk è mantenere il pallone da basket in aria cliccando, evitando il contatto con il soffitto o il pavimento, oltre a garantire che la palla passi attraverso i numerosi cerchi. Lo scopo è segnare punti facendo passare con successo la palla attraverso i cerchi, con un tiro mancato che porterà alla fine della partita.